1996년 5월 31일 99명의 도쿄도 시민들은 법원에 대기오염으로 인한 손해배상과 대기오염 배출금지를 청구하는 소송을 제기하였다. 원고는 천식환자들이었고 상대는 정부, 동경도, 수도고속도로 공단과 도요타, 닛산, 미쯔비씨, 이스즈, 히노, 닛산디젤, 마쯔다등 7대 자동차회사였다. 여러 통계조사 결과 고통의 원인이 자동차배기가스로 인한 대기오염이라는 사실이 밝혀지자 원고단을 구성하여 국가와 자동차회사를 상대로 오랜 법정투쟁에 들어간 것이다.
2002년 10월 29일 소송에 대한 1심 판결에서 법원은 원고일부승소판결을 내렸다. 대기오염과 천식과의 인과관계를 인정하여 도로변 주민 7명에게 7천9백20만엔을 지불하라고 명령한 것이다. 공해규제 대책을 소홀히 한 점, 도로로부터 발생하는 대기오염에 대한 설치관리자로서의 정부, 동경도, 수도고속도로 공단의 책임을 물은 판결이었다. 하지만 자동차회사에 대한 청구는 기각되었다. 이유는 다음과 같다. 법원은 자동차 배기가스와 천식과의 인과관계, 자동차 회사가 피해발생 사실을 사전에 알고 있었다는 점, 피해를 줄이기 위한 사회적 책임이 있다는 점들을 모두 인정했다. 하지만 어떤 시점에서 어떤 저감기술이 사용가능하였는지를 알 수 없었다고 판단하여 자동차 회사의 책임을 묻지 않았다. 또한 야마가사끼, 나고야 대기오염 소송에서는 인정했던 배출금지청구도 받아들여지지 않았기 때문에 원고인단은 법원에 항소하였다.
도쿄 고등 재판소에서 2006년 9월 28일에 끝난 공소심에서 재판장은 법원이 내릴 수 있는 판결의 한계를 지적하며 “화해를 위한 모든 가능성을 열어두고 이해당사자들의 의견을 듣고 싶다.”고 언급하였다. 2006년 11월 28일 이시하라 동경도지사는 ‘국가와 동경도 수도고속도로 공단 그리고 자동차회사가 공동 분담하여 도쿄도내 18세 이상의 모든 천식환자들의 치료비를 부담하겠다’는 내용의 화해안을 법원에 제출하였다.
이 번 동경 대기오염 소송에 참여하고 있는 니시무라 다까오 변호사는 다음과 같은 내용의 메일을 환경소송센터 사무국으로 보내왔다. “동경대기오염 소송의 최근 소식들이 벌써 한국의 언론을 통해 소개되었다니 놀랍습니다. 이 번 화해안은 재판이 시작된 이 후 지난 10년 동안 동경도내 피해자들의 고통을 끊임없이 재판부에 호소하고 교섭한 결과입니다. 우리들은 천식환자들의 구제를 위한 재원을 자동차 회사들이 마련하도록 하여 어떻게 해서든지 화해를 통해 이 문제를 해결하고 싶습니다.”
